یکی از مباحث مهم و بحث‌برانگیز در قرآن، مسئلة آیات «محکم» و آیات «متشابه» است که در آیه هفتم سوره آل عمران از آن یاد شده است. شهید بهشتی در تفسیر و توضیح این آیه، رویکردی اتخاذ کرده که با مشی کلی او در زمینة چگونگی فهم و درک قرآن سازگاری دارد. ابتدا به انتخاب واژگان فارسی مناسب برای این دو اصطلاح دست می‌زند و مقابل واژه «محکم» از «استوار» و در مقابل واژه «متشابه» از «همانند» استفاده می‌کند. سپس به مباحثی که توسط مفسران و قرآن‌شناسان دیگر در این زمینه و برای حل معضل شناسایی آیات محکم از آیات متشابه مطرح کرده‌اند می‌پردازد. در گام بعد، با استفاده از مضمون خود این آیه و با توجه به سیاق آیات قبل و بعد از آن و نیز با توجه به دیدگاه کلی خود دربارة اصالت و اولویت حفظ خاصیت هدایتگری قرآن، مخاطبان خود را به ضرورت پرهیز از مباحثات و مناقشات بی‌نتیجه و بی‌پایان توجه می‌دهد؛ مناقشات علمی‌ای که باعث می‌شود اصول روشن قرآن فروگذاشته شود و به جای آن، مباحث آکنده از شبهات نافرجام رایج شود. وی سپس به نسبی بودن تشابه در آیات متشابه اشاره دارد و بر کم بودن تعداد آیاتی که یکسره متشابه باشند تأکید می‌کند. سرانجام، در توضیح علت وجود آیات متشابه سخن می‌گوید و آن را طبیعت زبان بشری می‌داند؛ زبانی که آیات قرآنی، خواه‌ناخواه، در محدودیت‌های آن محصور است. در همین راستا، به موقعیت‌مند بودن آیات و احکامی که به امور اجتماعی مربوط می‌شوند اشاره می‌کند و با استفاده از نمونة بحث زکات و خمس، درباره چگونگی تأثیر عواملی مانند زمان و مکان در فهم دستورات وحیانی توضیح می‌دهد.